SMP Santo Antonius melaksanakan kegiatan skrining kesehatan yang bertujuan untuk memperoleh data kesehatan siswa secara jelas, teratur, dan terkonfirmasi. Melalui pemeriksaan ini, apabila ditemukan adanya masalah kesehatan, pihak sekolah dapat segera menyampaikan informasi tersebut kepada orang tua untuk mendapatkan tindak lanjut yang tepat. Skrining mencakup beberapa aspek penting, mulai dari pengukuran fisik (tinggi badan, berat badan, dan tekanan darah), pemeriksaan umum (mata, telinga, gigi, dan kondisi tubuh secara keseluruhan), hingga tes tambahan seperti pemeriksaan kadar hemoglobin (HB) dan gula darah.